「秘密結社クロノス」に暗殺者としての優れた才能を認められ、クロノスの精鋭部隊ナンバーズ特例の13人目として採用された、トレイン＝ハートネットは、抹殺者（イレイザー）として暗躍し、裏の世界では、通称「ブラック・キャット」と呼ばれていた。
ある日、彼は掃除屋のミナツキ＝サヤと出会い、彼女の影響から組織の暗殺者を辞めて、掃除屋として生活しようとする。
しかし、それを快しとしないクロノスでの相棒・クリード＝ディスケンスにより、サヤを殺されたトレインは掃除屋として、クリード率いる狂気の革命集団「星の使徒」との壮絶な戦いに身を投じていく。